寿县北濒淮河，南倚大别山，古代为南北交通的要冲，历来是兵家必争之地。在东周时先後是蔡国、楚国春申君的封地。楚末年，为避秦国压力，而把都城迁至此，遂名“郢”。楚都城遗址位于今县城内。城南还有楚相孙叔敖修建的大型水利工程安丰塘（芍陂），该塘使用至今，现为一水库。

秦代称寿春，为三十六郡之一九江郡的治所。汉初先後为外姓王英布和宗室淮南王的王都。淮南王刘安曾在此主持编着了《淮南子》。东汉末年，袁术也在此称帝。三国曹魏晚期，这里相继发生过两次重大兵变。

东晋时，前秦南征，以寿春的八公山、淝水为战场与东晋军激战，史称淝水之战。“投鞭断流”、“风声鹤唳”、“草木皆兵”等典故皆出于此。

隋唐改称寿州。当时兴起的“寿州窑”是中国古代的着名瓷窑，其产品兼具南北风格，颇受朝野青睐。

宋代设寿春府。这一时期，寿春的名门望族吕氏连续出现了吕夷简、吕公着、吕公弼、文彦博、富弼等多位文臣宰相，为一时之盛。宋所建的城墙保留至今，是中国保存最完整的七大古城墙之一，并以具备完善的防洪功能而着称。在1992年江淮地区特大洪水期间，寿春古城曾收容30万难民，当时的中国国家主席江泽民前往视察时，所乘坐的直升飞机就降落在寿县古城墙上。

明复为寿州。清末，太平天国的英王陈玉成在这里被诱捕。1912年寿州改为寿县。1986年被授予国家历史文化名城称号。古城曾长期维系了宋代格局，但近年来，遭到地方政府的严重破坏，历史风貌已大都无存。

寿县境内河汊纵横，盛产粮油，主要作物有水稻、小麦、油菜、棉花等。目前也是国家扶贫开发工作重点县之一。县城以西的正阳关为淮河、淠河、颍河三水汇流之地，是重要的物资集散地和大码头，已有千年历史。淮河在此拐弯，其水位对于淮河流域的防洪具有重大意义。